江蘇省南菁高級中學校團委是在學校黨委直接領導下的先進青年群眾組織，是校黨委聯系團員青年、領導青年工作的重要紐帶和渠道，擔任培養青年共產主義者和優秀學生骨干隊伍，拓展青年學生的綜合素質和繁榮校園文化生活的任務。校團委設有組織部、宣傳部。

    校團委始終以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀和習近平新時代中國特色社會主義思想為行動指南，在學校黨委和上級團組織的領導下，根據團的十八大部署緊緊圍繞學校中心工作，積極順應時代發展和社會轉型的新變化、新要求、新常態，努力把握當代青年特點和青年工作規律，緊緊圍繞“凝聚青年、服務大局、當好橋梁、從嚴治團”工作格局，深化實施“思想引領、素質拓展、權益服務、組織提升”四大行動，著力構建學習型、創新型、服務型團組織，實現共青團管理工作規范化、考評工作機制化、服務工作特色化、基礎工作職能化，構筑和推進思政引領、文化建設、創新創業、志愿服務、社會實踐、組織制度等建設。學校連續多年在社會實踐、志愿服務、科技創新、學生社團、校園文化等方面工作中獲得較好成績。

    2019年1月14日，共青團江蘇省南菁高級中學第十六次代表大會選舉產生共青團江蘇省南菁高級中學第十六屆委員會。